Un día, al bajar a jugar a la playa que está al lado de su casa, Sousuke se encuentra una niña-pez, a quien pone de nombre Ponyo. Se hacen muy amigos, pero el padre de Ponyo, Fujimoto, un hechicero de las profundidades del océano, no quiere que su hija viva entre los humanos, y se la lleva del lado de Sousuke, de vuelta al mar. Pero Ponyo ha decidido que quiere tener manos y pies, y vivir en la superficie con su amigo, aunque ello implique el desequilibrio del mundo.